Il nome di questo museo è definito dalla sua ubicazione. La confluenza dei due fiumi, Rodano e Saona, è un luogo simbolico di Lione che sottolinea con questo museo il contesto storico della scienza, dell'economia e dell'industria. L'edificio è anche un simbolo del ponte tra il passato e il futuro.
Nel 2001, lo studio di progettazione architettonica austriaco Coop Himmelb(l)au ha vinto la gara d'appalto per la progettazione del museo. L'edificio surreale-futuristico assomiglia a una nuvola di cristallo che lascia all'osservatore sufficiente spazio di interpretazione. Le tende parasole e gli elementi per il flusso d'aria in acciaio inox perforato da 3 mm sono stati realizzati in collaborazione con Dillinger Fabrik gelochter Bleche, uno dei principali partner europei per le facciate esterne in lamiera e pannelli perforati.
Dopo oltre un decennio di progettazione e costruzione, uno dei più grandi progetti di Lione è stato completato e inaugurato con una cerimonia. Non meno di 2 milioni di articoli esposti coprono l'elevata richiesta di trasmettere ai visitatori conoscenze globali, soprattutto scientifiche.
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